Detection of antimalarial drug resistance polymorphisms in Plasmodium falciparum chloroquine resistance transporter and Plasmodium falciparum multidrug resistance 1 genes of Plasmodium falciparum found in Kano State, Nigeria

Objectives: In 2018, malaria claimed an estimated 380,000 lives in African region, with Nigeria accounting for 24.0% (91,368) of malaria deaths from the region. Mutations in Plasmodium falciparum chloroquine resistance transporter (Pfcrt) and P. falciparum multidrug resistance 1 (Pfmdr-1) genes had reduced the effective use of artemisinin combination therapy through the development of resistance to these antimalarial agents. Our study set out to determine the antimalarial drug resistance polymorphisms in Pfcrt and Pfmdr-1 genes of P. falciparum isolates among patients in Kano State, Nigeria. Material and Methods: Malaria positive samples were collected across the three senatorial districts of Kano State. The samples were amplified using nested polymerase chain reaction to detect the Pfcrt and Pfmdr-1 genes. The amplicons were sequenced and bioinformatic analysis was done using CLC Sequence viewer 8.0 and BioEdit sequence alignment editor to detect the single-nucleotide polymorphisms. Results: In the Pfcrt gene, CVIET haplotype was seen in 26.2% of the samples while only two samples showed the 86Y mutation in the Pfmdr-1 gene. All the 86Y mutations and majority of the CVIET haplotypes were detected in the patients from rural settings where some of them noted that they consumed modern and traditional (herbs) antimalarial agents. One sample was observed to have the CVIET haplotype and N86Y mutation while the other five CVIET haplotypes were seen in five separate samples. A new mutation V62A was found in the Pfmdr-1 gene as observed in one of the sample. Conclusion: It is imperative to ensure the rational use of the right antimalarial agents and employ continuous resistance surveillance/mapping to ensure synergy in malaria containment and elimination strategies.

Prédisposition génétique à la néphropathie diabétique: rôle du polymorphisme I/D du gène ACE / Genetic Predisposition to Diabetic Nephropathy: Role of I/D ACE Gene Polymorphism

Introduction - La néphropathie diabétique est la principale cause de la maladie rénale chronique et représente la complication la plus fréquente et la plus grave du diabète. Sa pathogénie exacte est complexe et noncomplètement élucidée. Plusieurs facteurs et mécanismes contribuent au développement et à l'issue de cette pathologie. Les objectifs de notre travail sont de déterminer la fréquence du polymorphisme Insertion(I)/Délétion (D) du gène ACE (angiotensin-converting enzyme) chez des patients diabétiques avec et sans néphropathie et d'établir la relation entre ce polymorphisme et la néphropathie diabétique dans une population de l'Est algérien. Matériel et Méthodes - Nous avons recruté à cet effet, vingt neuf sujets diabétiques avec néphropathie et trente témoins diabétiques sans néphropathie. L'extraction de l'ADN a été réalisée sur du sang frais par la méthode au NaCl et le polymorphisme I/D du gène ACE a été déterminé par PCR (polymérase Chaine Réaction). Un consentement éclairé a été obtenu de l'ensemble des participants. Résultats - La durée moyenne du diabète chez noscas est de 19,21 ± 9,31ans ; celle des témoins est de 10,67 ± 7,66 ans. Le diabète de type 1 est plus fréquent chez les néphropathes (72,41%), chez les témoins la fréquence du diabète de type 2 est plus importante (73.33%). Les complications macro-angiopathiques sont plus prévalentes chez les néphropathes. De plus l'association de deux ou plusieurs complications est fréquemment retrouvée. Les fréquences des allèles I et D sont respectivement 13,79 % et 86,21 % chez les sujets témoins alors que les fréquences alléliques chez les sujets avec néphropathie sont respectivement 19,64 % et 80,36 %. Conclusion - Aucune association significative entre ce polymorphisme et la néphropathie diabétique n'a été démontrée.

Important pharmacogenomic aspects in the management of HIV/AIDS

In managing HIV/AIDS with highly active antiretroviral agents, the historical therapeutic aim remains to maintain the plasma concentrations at a level above the half maximal inhibitory concentration (IC50) required for 50% inhibition in viral replication.Concentration dependent toxicity is often observed in patients with elevated drug exposure and high peak plasma levels in lieu of accurately calculated drug dosages. Similarly lowplasmaconcentrationsarefrequently witnessed in individuals receiving adequate dosage regimens. Pharmacogenetic variations in drug metabolizing enzymes may contribute to this phenomenon.Over the last decade, knowledge about the role of pharmacogenetics in the treatment and prediction of ARV plasma levels have increased significantly. However, the extent of these genetic variations remain largely unknown in the South African population,which has sparked a renewed enthusiasm forlocalpharmacogenetic studies

Etude du polymorphisme génétique des souches de plasmodium falciparum au Niger

Problématique : Le paludisme à Plasmodium falciparum est un problème majeur de santé publique au Niger. Plasmodium falciparum est l'agent responsable de 97% des cas de paludisme. Il est aussi responsable des formes cliniques graves comme le neuropaludisme et l'anémie sévère.Pour évaluer l'impact des stratégies de lutte contre le paludisme sur la diversité génétique, nous avons caractérisé les populations parasitaires du Niger en amplifiant le block2 du gène msp1 et la région variable centrale du gène msp2. Des amorces spécifiques des différentes familles allèliques (K1, MAD20 et RO33 pour msp1) puis (3D7 et FC27 pour msp2) ont permis de distinguer les allèles du gène msp1 et du gène msp2.Objectif général : L'objectif est d'analyser la diversité génétique et la complexité des infections à P.falciparum au niveau de 13 sites représentatifs de la situation épidémiologique du paludisme au Niger.Résultat : 510 échantillons de 13 sites du Niger ont été génotypés. Une très grande diversité génétique est observée avec les deux marqueurs. En effet, il y'a 17 allèles différents de type msp1 et 14 allèles différents de type msp2. La famille allélique la plus fréquente dans la population est 3D7 (63%) suivie de K1 (43.2%). Les familles alléliques les plus rares sont MAD 20 (28.4%) et RO33 (28.4%). La distribution allélique des gènes msp1 et msp2 est très variée selon le site. Le nombre de clones varie de 1 à 5 par patient. 23% des infections sont polyclonales. La multiplicité des infections (MOI) est de 2.8 au Niger. Il y'a une différence significative de MOI selon les sites (p<0.05). Nos résultats sont discutés selon la latitude et la longitude des sites puis au regard d'études semblables en Afrique de l'ouest.Conclusion : La diversité génétique et la complexité des infections dépendent du niveau de transmission du paludisme. La relation entre la multiplicité des infections et la transmission n'est pas linéaire. Des facteurs écologiques et environnementaux comme la disponibilité en eau de surface et l'humidité relative interviennent

Variants in PPARG, KCNJ11, TCF7L2, FTO, and HHEX genes in South African subjects of Zulu descent with type 2 diabetes

Polymorphisms in a number of genes have consistently been associated with type 2 diabetes in various Caucasian populations. Little, however, is known of the association between these genetic risk markers and type 2 diabetes in sub-Saharan African subjects. The aim of the current study was to determine the association between common variants in the PPARG, KCNJ11, TCF7L2, FTO and HHEX genes in African (black) subjects of Zulu descent in KwaZulu-Natal, South Africa. The association between type 2 diabetes and rs1801282 (PPARG), rs5215 (KCNJ11), rs12255372 (TCF7L2), rs7903146 (TCF7L2) rs9939609 (FTO) and rs1111875 (HHEX) was determined in 178 South African Zulu subjects and 200 healthy ethnically matched control subjects. rs1801282 (PPARG) and rs5215 (KCNJ11) were not found to be present in either the subjects with type 2 diabetes or the control subjects. No association between rs12255372 (TCF7L2), rs9939609 (FTO) and type 2 diabetes was found. Heterozygosity at rs7903146 (TCF7L2) was associated with type 2 diabetes (odds ratio 1.84, 95% confidence interval: 1.19­2.83, p=0.0035). Decreased frequency of homozygosity for the common allele at rs7903146 (TCF7L2) was observed in subjects with type 2 diabetes (odds ratio 0.54, 95% confidence interval: 0.34­0.84; p=0.0043). There was an increased frequency of C allele homozygosity in subjects with type 2 diabetes at rs1111875 (HHEX), of borderline significance (odds ratio 1.54, 95% confidence interval 0.97­2.44, p=0.052). Subjects with type 2 diabetes harbouring one or more of the risk alleles did not differ from those without genetic variation at the loci studied, with respect to age at diagnosis, blood pressure, body mass index or serum lipid levels. We conclude that risk polymorphisms identified in Caucasian populations are not associated with type 2 diabetes in this group of South African subjects of Zulu descent, with the exception of rs7903146 (TCF7L2). The genetic risk for type 2 diabetes in sub-Saharan African subjects may reside in other, as yet unidentified, genes

Etude du polymorphisme moléculaire de la transferrine dans la population béninoise

A partir d'une analyse du profil electrophoretique en Electrophorese Haute Resolution; les auteurs mettent en evidence 14;5 pour cent de bitransferrinemie dans la population beninoise. Il s'agit probablement d'une mutation genetique qui n'aurait aucune consequence clinique. Cependant il se pose la question du role des deux isoformes quantitativement semblables dans la bitransferrinemie congenitale